1800 – 1847
In den Koalitionskriegen gegen Frankreich wurde die Stadt 1800/01, 1805/06 und 1809 wiederum von französischen und bayerischen Truppen besetzt, wobei es am 3. Mai 1809 beim Übergang über die Traun im heutigen Stadtteil Ebelsberg zu einer blutigen Schlacht kam. Als indirekte Folge der Koalitionskriege wütete 1800 ein riesiger Brand, der das Schloss, das Landhaus und große Teile der Altstadt in Mitleidenschaft zog.
In der Folgezeit wurden die funktionslos gewordenen Befestigungsanlagen geschleift. Auf Initiative des Erzherzogs Maximilian d'Este erhielt Linz eine neue Befestigung in Form eines verschanzten Lagers (1831-37), das seine Kriegstauglichkeit allerdings nie unter Beweis zu stellen brauchte.
Das 19. Jahrhundert brachte mit der Einführung der Dampfschifffahrt auf der Donau (1837/38) und dem Bau der Pferdeeisenbahn als erster Schienenbau des Kontinents von Linz nach Budweis (1832) bzw. Gmunden (1836) technische Neuerungen.
1842 - 1844
Errichtung der Martin-Luther-Kirche nach Plänen von Johann Rueff.
1841/1842
Die Barmherzigen Schwestern errichten an der Herrenstraße ein Kloster samt Kapelle und Spital.
1840
Gründung der Linzer Schiffswerft durch Ignaz Mayer.
1837
Niederlassung der Jesuiten auf dem Freinberg.
1832, 21. Juli
Besichtigungsfahrt von Kaiser Franz I. und Kaiserin Karoline mit der neugebauten Pferdeeisenbahn Linz-Budweis von Urfahr nach St. Magdalena.
1831 - 1835
Ausbau von Linz zur Festung mit 32 Festungstürmen, einer Donausperre und einem Fort auf dem Pöstlingberg durch Erzherzog Maximilian d'Este.
1829
Anlage des Volksgartens im Süden der Stadt.
1827
Josef Hafner gründet eine Lithographische Anstalt, in der zahlreiche Ortsansichten, Landkarten und andere Druckwerke hergestellt werden.
1825 - 1832
Bau der Pferdeeisenbahn Linz - Budweis. Der Weiterbau bis Gmunden wurde 1836 fertiggestellt.
1821
Gründung der für die weitere Entwicklung des Linzer Musiklebens bedeutsamen "Gesellschaft der Musikfreunde".
1817
Urfahr erhält die Abhaltung von zwei Jahrmärkten verbrieft.
1813
Der Maler Johann Baptist Reiter wird in Urfahr geboren.
1812
Ludwig van Beethoven, dessen Bruder in Linz eine Apotheke besitzt, vollendet während eines Besuches seine 8. Symphonie.
1809, Mai bis 1810, Jänner
Französische Truppen besetzen Linz.
1809, 3. Mai
Blutige Schlacht bei Ebelsberg zwischen österreichischen und französischen Truppenteilen mit schwersten Zerstörungen im Markt.
1808
Erhebung des Dorfes Urfahr zum Markt durch Kaiser Franz I. von Österreich.
1805, 4. bis 9. November
Aufenthalt des französischen Kaisers Napoleon im Linzer Landhaus.
1805, November bis 1806, Februar
Französische Truppen besetzen Linz.
1801 – 1803
Erbauung eines Theaters durch die Landstände ob der Enns neben dem Redoutensaal (das heutige Landestheater).
1800, Dezember bis 1801, März
Französische Truppen besetzen Linz.
1800, 15. bis 18. August
Katastrophaler, vom Schloss ausgehender Stadtbrand.