16. Jahrhundert
Ferdinand I. vermählte sich 1521 in Linz mit Anna von Ungarn. Diese Hochzeit ebnete den Weg zur Schaffung der "Monarchia Austriaca" nach 1526.
Die Stadt blieb auch weiterhin bevorzugter Zufluchtsort des Hofes bei Seuchen (Pest) und Kriegsgefahren (in erster Linie Türkenkriege), diente aber auch Mitgliedern des Herrscherhauses als Aufenthaltsort (Königin Katharina von Polen, Erzherzog Matthias).
Erste Ansätze der Reformation sind in Linz seit 1521 vorhanden. Vorerst war es die Bewegung der Wiedertäufer, die vor allem bei den Handwerkern Anklang fand.
Die Lutheraner stellten 1542 den ersten Bürgermeister, in den siebziger Jahren des 16. Jahrhunderts kamen protestantische Prädikanten in die Stadt. Das während der Reformation untergegangene Minoritenkloster erhielten 1562 die Stände.
1598 -1601
Beginn der katholischen Gegenreformation in der Stadt.
1582 - 1593
Erzherzog Matthias, der Bruder des Kaisers Rudolf II., residiert mit seinem Hofstaat zeitweilig in Linz.
1574
Übersiedlung der ständisch-protestantischen Landschaftsschule von Enns nach Linz; Schließung der bedeutenden Schule, an der eine Reihe bekannter Gelehrter gewirkt hat, im Zuge der Gegenreformation im Jahre 1625.
1572
Hochwasser durchbricht das von Ludl und Donau umflossene Wörth und bildet einen eigenen Donauarm, der später als Fabriksarm bezeichnet wird. Im Zuge der Donauregulierung wird er 1889 - 1892 zugeschüttet.
1567 - 1572
Die von ihrem Gatten, König Siegmund II. August von Polen, verstoßene Königin Katharina von Polen (Tochter Kaiser Ferdinands I.), verbringt ihre letzten fünf Lebensjahre im Linzer Schloss.
1564 - 1571
Erbauung des Landhauses durch die Landstände ob der Enns.
1552
Diplomatische Verhandlungen zwischen Kaiser Karl V. und dem protestantischen Kurfürsten Moritz von Sachsen im Vorfeld des Passauer Vertrages.
1542
Stadtbrand
1527 - 1562
Bestehen einer landesfürstlichen Münzstätte in Linz. Großsilbermünzen und Golddukaten werden geprägt.
1527 - 1531
Blutige Verfolgung der hauptsächlich in der Handwerkerschicht vertretenen Wiedertäufer.
1521, 26. Mai
Hochzeit des Erzherzogs Ferdinand von Österreich (Enkel des Kaisers Maximilian I.) mit Anna von Ungarn und Böhmen in Linz.
1520, seit ca.
Allmähliche Verbreitung des lutherischen Glaubens unter den Linzer Einwohnern.
1509
Stadtbrand, in dessen Folge 1513/1514 am Hauptplatz ein repräsentativeres Rathaus errichtet wird.
Errichtung eines Zeughauses in der Altstadt.
1502 - 1510
Die landesfürstliche Zentralbehörde, "Niederösterreichisches Regiment" genannt, hat ihren Sitz in Linz.
1501
Größter Hochwasserstand, den die Donau in Linz je erreicht hat.